O IPB destaca-se pela oferta de formação de pós-graduação, fruto da qualificação do seu corpo docente (o mais qualificado do sistema de Ensino Superior Politécnico) e da qualidade dos seus recursos pedagógicos, técnicos e laboratoriais. Todos os ciclos de estudo de Mestrado encontram-se adequados ao Processo de Bolonha.

Artes, Comunicação e Multimédia:
3042 6349 Animação Artística (ESE)

Ciências Agrárias e Recursos Naturais:
3041 6348 Agroecologia (ESA)
3041 6363 Gestão de Recursos Florestais (ESA)
3041 5026 Tecnologias da Ciência Animal (ESA)

Ciências Empresariais e Direito:
1000 0001 Gestão das Organizações (Especialização em Gestão de Empresas) (APNOR)
1000 0002 Gestão das Organizações (Especialização em Gestão Pública) (APNOR)
1000 0003 Gestão das Organizações (Especialização em Gestão de Unidades de Saúde) (APNOR)
1000 0004 Logística (APNOR)
1000 0005 Contabilidade e Finanças (APNOR)
Nota: Os cursos de Mestrado da APNOR funcionam em associação, no âmbito da Associação de Politécnicos do Norte que inclui os Institutos Politécnicos de Bragança, do Cávado e do Ave, do Porto e de Viana do Castelo. Para mais informações, consulte a página da APNOR em www.apnor.pt.
3042 5028 Tradução (ESE)
 

Educação e Formação de Professores:
3042 6032 Ciências da Educação - Administração Educacional (ESE)  
3042 6983 Educação Ambiental (ESE)
3042 6914 Educação Pré-Escolar (ESE)
3042 6915 Educação Pré-Escolar e Ensino do 1º Ciclo do Ensino Básico (ESE)
3042 6405 Ensino da Educação Visual e Tecnológica no Ensino Básico (ESE)
3042 5027 Ensino da Leitura e da Escrita (ESE)  
3042 5015 Ensino das Ciências (ESE)  
3042 6406 Ensino da Educação Musical no Ensino Básico (ESE)
3042 6795 Ensino de Inglês e Espanhol no Ensino Básico (ESE)
3042 6924 Ensino do 1º Ciclo do Ensino Básico (ESE)
3042 6925 Ensino do 1º e do 2º Ciclos do Ensino Básico (ESE)
3042 1083 TIC na Educação e Formação (ESE)

Saúde e Proteção Social:
7015 1350 Cuidados Continuados (ESSa)
7015 5032 Desenvolvimento Humano e Saúde (ESSa, com IPVC, IPV e UTAD)
3042 9284 Educação Social (ESE)
7015 1208 Enfermagem de Reabilitação (ESSa)
7015 1351 Enfermagem de Saúde Pública (ESSa)
7015 5030 Enfermagem de Saúde Materna e Obstetrícia (ESSa, com IPVC e UTAD)
7015 1352 Envelhecimento Activo (ESSa)
3042 6125 Exercício e Saúde (ESE e ESSa)
3041 5031 Farmácia e Química dos Produtos Naturais(ESA, ESSa e Universidade de Salamanca) (Funcionamento no IPB e na Universidade de Salamanca; para mais informações, consulte a página do curso) 

Tecnologias:
3041 6809 Biotecnologia (ESA)
3043 6793 Energias Renováveis e Eficiência Energética (ESTiG)
3043 9572 Engenharia Industrial (Ramos Engenharia Electrotécnica e Engenharia Mecânica) (ESTiG)
3043 6362 Engenharia Química (ESTiG)
3043 5024 Engenharia da Construção (ESTiG)
3041 6369 Qualidade e Segurança Alimentar (ESA)
3043 6686 Sistemas de Informação (ESTiG)
3041 1076 Tecnologia Ambiental (ESA)
3043 5025 Tecnologia Biomédica (Ramos “Biomecânica e Reabilitação” e “Instrumentação e Sinais Médicos”) (ESTiG)